Jabatan Hal Ehwal Agama Islam Kelantan (JAHEAIK) ditubuhkan secara rasmi pada 1 Januari 1980 dengan tujuan untuk membantu Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan dalam usaha mempergiatkan aktiviti-aktiviti dakwah dan pembangunan hal ehwal Islam di negeri Kelantan.

Pada Awal penubuhannya iaitu pada 1/12/1950, bidang tugas JAHEAIK yang dikenali dengan nama Pejabat Penyelia Agama atau lebih mashyur dengan panggilan Pejabat Pencegah Maksiat lebih tertumpu kepada bidang pencegahan, penangkapan dan pendakwaan jenayah syariah semata-mata. Pejabat ini wujud di bawah Pejabat Mufti Kerajaan Kelantan.

Sekitar bulan Mac 1978 kerajaan telah mewujudkan Bahagian Agama Islam di Pejabat Setiausaha Kerajaan Kelantan yang dikendalikan seorang pegawai yang berjawatan "Penolong Setiausaha (Hal Ehwal Agama)" serta beberapa kakitangan perkeranian. Bermula pada bulan jun 1978, struktur pentadbirannya diperbesarkan dengan diberi taraf jabatan penuh iaitu diketuai oleh seorang pegawai berjawatan Pengarah, sementara Penolong Kanannya bergelar Setiausaha, tetapi masih di bawah sayap Pejabat Setiausaha Kerajaan Kelantan. Hanya pada tahun 1980 barulah diwujud secara berasingan dari pejabat Setiausaha Kerajaan dengan peruntukan tahunan serta kuasa mengawal kewangan dan pentadbirannya sendiri.

Pada tahun 60an dan seterusnya hingga kini, JAHEAIK telah mengalami perkembangan pesat dari segi bidang tugas serta struktur perjawatan dan pentadbirannya sesuai dengan tuntutan perubahan masa dan keadaan.

Asas kepada bidang kuasa pembangunan Hal Ehwal Islam di Malaysia telah diletakkan secara jelas dalam sistem perundangan Negara. Perkara 3(1) Perlembagaan Persekutuan memperuntukkan Agama Islam adalah Agama bagi Persekutuan. Dalam pembahagian kuasa antara Kerajaan Persekutuan dan Kerajaan Negeri, Pengurusan Agama Islam diletakkan di bawah kuasa Kerajaan Negeri di mana Raja-Raja Melayu adalah Ketua Agama Islam di negeri masing-masing. Bagi negeri-negeri yang tidak beraja, Perlembagaan Persekutuan memperuntukkan bahawa Yang DiPertuan Agung adalah Ketua Agama Islam bagi negeri-negeri berkenaan.

Bagi konteks Negeri Kelantan Pengurusan Agama Islam diletakkan di bawah kuasa KDYMM Al Sultan Kelantan sebagai ketua Agama Islam. Dalam melaksanakan pengurusan dan pentadbiran Hal Ehwal Islam. JAHEAIK menggunakan akta – akta seperti berikut :

1. Enakmen Tatacara Jenayah Syariah Negeri Kelantan No. 8/2002
2. Enakmen Kanun Jenayah Syariah Negeri Kelantan No. 2/1985
3. Enakmen Undang-Undang Keluarga Islam Negeri Kelantan No. 6/2002
4. Enakmen Undang-Undang Keluarga Islam Negeri Kelantan No. 6/2002
5. Enakmen Pentadbiran Mahkamah Syariah Negeri Kelantan No. 3/1983
6. Enakmen Keterangan Mahkamah Syariah Negeri Kelantan No. 9/2002
7. Enakmen Majlis Agama Islam dan Adat Istiadat Melayu Kelantan bil 4/1994