Bil. Bahagian
1. Khidmat Pengurusan
2. Bahagian Pentadbiran dan Kewangan
3. Bahagian Pendidikan
4. Bahagian Penyelidikan
5. Bahagian Pentadbiran Undang-Undang Keluarga Islam
6. Bahagian Dakwah
7. Bahagian Penguatkuasaan
8. Bahagian Pendakwaan Syarie
9. Pejabat Agama Jajahan Kota Bharu
10. Pejabat Agama Jajahan Tumpat
11. Pejabat Agama Jajahan Pasir Mas
12. Pejabat Agama Jajahan Bachok
13. Pejabat Agama Jajahan Pasir Puteh
14. Pejabat Agama Jajahan Machang
15. Pejabat Agama Jajahan Tanah Merah
16. Pejabat Agama Jajahan Jeli
17. Pejabat Agama Jajahan Kuala Krai
18. Pejabat Agama Jajahan Gua Musang